Как разъяснил в своем письме от 22.09.2008 № 03-02-07/1-370 Минфин России, сумма излишне уплаченного ЕСН может быть зачтена в счет уплаты налога на добавленную стоимость. Ведь оба этих налога относятся к числу федеральных. А зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов и сборов, а также по пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам (абз. 2 п. 1 ст. 78 НК РФ).
Минфин России уточнил также, что реализация положений абзаца 2 пункта 1 статьи 78 НК РФ будет производиться в соответствии с приказом Минфина России от 04.09.2008 № 90н после его регистрации в Минюсте России.